A Református Pedagógiai Intézetet 1994-ben alapította a MRE Zsinata, holland támogatással. Először a Baár-Madas Református Gimnázium épületében működött, majd a Magyarországi Református Egyház Zsinati Irodájának III. emeletén kapott helyet.

Az RPI alapfeladata az óvodákban és az iskolákban folyó pedagógiai munka segítése. Szakmai tevékenysége fokozatosan bővült. Szakmai ajánlásokat, taneszközjegyzéket, szakértői és szaktanácsadói névjegyzékeket készít. Koordinálja az éves versenynaptárat. Segíti és fejleszti a hitoktatást. A továbbképzések, a tankönyvkiadás, a szaktanácsadás, a kerettantervi munkálatok és a folyóirat-kiadás jelentették a fokozatos feladatbővülést. Újabb elem a versenyszervezés, az előadói adatbázis és a honlap építése.

Az elmúlt évtizedben nagymértékben szélesedett ki az RPI képzési tevékenysége, a köznevelési törvény, a helyi tanterv, a keresztyén pedagógia, a katechetikai képzések és a gyermekek körében végzett szolgálatra való felkészítés területén.

Az RPI székhelye 2012-ben Debrecenbe került át, központi telephelye 2014-ben a Károli Gáspár Református Egyetem Állam- és Jugtudományi Karának B épületébe költözött (1042 Budapest, Viola utca 3-5.). Az országos feladatellátást segíti, hogy a református nevelés-oktatás több csomópontján működtetünk telephelyeket (Debrecen, Nagykőrös, Miskolc).

2020 óta székhelyünk az újpesti Árpád Point Irodaházban található (1041 Budapest, Árpád út 51. A épület I. emelet 1.)

Igazgatóink voltak:

1994-1995 Dr. Dizseri Sándor
1995-1996 Ábrahám Ferencné
1996-1997 Bognár József
1997-2002 Molnár Miklós
2002-2003 Pavletitsné Egressy Mária
2003-2014 Márkus Gábor

2014-: Dr. Szontagh Pál